L’intolérance à l’histamine peut être secondaire à l’ingestion d’aliments riches en histamine, associée à une capacité réduite de l’organisme à dégrader cette histamine d’origine alimentaire. L’enzyme permettant cette dégradation histaminique au niveau de l’organisme s’appelle la DAO (DiAmineOxydase). Cette dernière peut être synthétisée en quantité trop faible (intolérance Iaire), ou être moins fonctionnelle (intolérance IIaire souvent réversible en cas de disparition de la cause) : en cas de prise d’inhibiteurs alimentaires en quantité importante (café, thé noir ou vert, alcool, boissons énergétiques), de prise médicamenteuse (anti-inflammatoire, antidépresseurs, antibiotiques) ou de déficit en cofacteurs enzymatiques (vitamine B6, cuivre), ou d’inflammation de la muqueuse digestive.